Rui Marques Vieira é Professor Auxiliar com Agregação na Universidade de Aveiro, Departamento de Educação e Psicologia, onde tem desenvolvido a sua docência, particularmente nos Mestrados (2.º Ciclos) e de Doutoramentos (3.º Ciclo) na área da Educação.
Tem participado em vários estudos e projetos de investigação como por exemplo no estudo Europeu: University Educators for Sustainable Development (UE4SD - reference 540051-LLP-1-2013-1-UK-ERASMUS-ENW).
É autor de várias comunicações, artigos e tem publicado vários livros.
É Membro do Centro de Investigação Didática e Tecnologia na Formação de Formadores [CIDTFF] da Universidade de Aveiro onde tem desenvolvido estudos de investigação na área da Formação de Professores; desenvolvimento curricular, com destaque para a dimensão das Capacidades de Pensamento Crítico; Didática Educação em Ciências para o Ensino Básico; e Educação para o Desenvolvimento Sustentável.