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João Lobo Antunes (n. 4 de Junho de 1944) foi um neurocirurgião português e irmão do escritor António Lobo Antunes. O seu pai, neurologista, colaborou de perto com Egas Moniz, personalidade que o influenciou desde novo. O seu tio-avô é considerado o pai da Neurocirurgia portuguesa, tendo tido como mestre Victor Horsley, um dos pais da Neurocirurgia moderna.

Licenciou-se em 1968 em Medicina na Universidade de Lisboa. Três anos após terminar a licenciatura, obteve uma bolsa Fulbright e foi para os Estados Unidos, onde permaneceu entre 1971 e 1984, e trabalhou no Departamento de Neurocirurgia de Nova Iorque (Universidade de Columbia), onde foi nomeado Professor Associado de Neurocirurgia. Doutorou-se em Medicina, pela Universidade de Lisboa, em 1983. Um ano mais tarde regressou a Portugal como Professor Catedrático de Neurocirurgia da Faculdade de Medicina de Lisboa.

Durante o ano de 1990 foi vice-presidente para a Europa do World Federation of Neurosurgical Societies; em 1999 ocupou o cargo de presidente da Sociedade Europeia de Neurocirurgia e em 2000 preside à Sociedade das Ciências Médicas de Lisboa.

Foi professor convidado da Universidade de Pequim (2001), membro do conselho editorial de diversas revistas científicas, da Academia Portuguesa de Medicina e de numerosas sociedades científicas europeias e norte-americanas.

Durante 1996 foi presidente do Conselho Científico da Faculdade de Medicina de Lisboa. Naquele ano, João Lobo Antunes foi a décima personalidade a receber o Prémio Pessoa.

É autor de mais de 150 trabalhos científicos e editou quatro livros. O gosto pelas escrita levou-o a publicar 4 coletâneas de ensaios: "Um Modo de Ser" em 1996, "Numa cidade feliz" em 1999, "Memória de Nova Iorque e outros ensaios", em 2002 e "Sobre a mão e outros ensaios" em 2005.

Foi mandatário nacional das candidaturas de Jorge Sampaio (em 1996) e de Cavaco Silva (2006) à Presidência da República, tendo ambos ganho a eleição. Cavaco Silva nomeou-o para o Conselho de Estado português.

Os objetos de estudo de João Lobo Antunes foram principalmente o hipotálamo e a hipófise. Em 1982/83 foi o primeiro médico da História a implantar o olho eletrónico num invisual. Desde então esse implante já foi realizado em 15 invisuais, permitindo-lhes visualizar algumas formas e distinguir certas cores.

Foi Diretor do Serviço de Neurocirurgia do Hospital de Santa Maria, Presidente da Academia Portuguesa de Medicina e presidente do Instituto de Medicina Molecular.

Faleceu em outubro de 2016.