João Luís Rodrigues Gonçalves nasceu em 1960, na freguesia de Campanário, Ribeira Brava, ilha da Madeira.
Fez o Ensino Secundário no Seminário Menor do Funchal.
Frequentou o Seminário Maior da Sé, no Porto, entre 1978 e1980, onde concluiu o segundo ano do curso de Teologia no Instituto de Ciências Humanas e Teológicas do Porto (ICHT).
Participou nas seguintes missões das Nações Unidas, em Timor-Leste: em setembro de 2001, em Díli, Timor-Leste, colaborou num curso de formação judiciária para magistrados e defensores públicos.
Foi Procurador Mentor em Díli, no âmbito do UNDP (United Nations Development Programme), a partir de 20 de maio de 2002; de setembro de 2002 a junho de 2003, foi Procurador Internacional pela UNMISET (Missão das Nações Unidas de Apoio a Timor-Leste), no departamento de Serious Crime que investigou os crimes contra a humanidade dos massacres das milícias praticados em 1999.
Desde setembro de 2022 é Procurador-Geral Adjunto na Procuradoria-Geral Regional de Lisboa.