Lídia Fernandes é licenciada em História, Variante de Arqueologia pela Universidade de Coimbra. Posteriormente, tirou o Curso de Especialização «Arquitectura e Urbanismos Romanos» da Universidade Lusíada. Frequentou a Pós-Graduação em Arqueologia pela Universidade Autónoma de Lisboa e fez um Mestrado em História de Arte na Universidade Nova de Lisboa (FCSH).

Desde 1989 desempenha funções como arqueóloga na Câmara Municipal de Lisboa, desenvolvendo actividade científica nas áreas de Arqueologia, História e História da Arte. Desde 2009 é Coordenadora do Museu do Teatro Romano, sendo a responsável científica das intervenções arqueológicas no local desde 2001. Realizou múltiplas escavações na cidade e por todo o país, dedicando-se também ao projecto de investigação História dos Jogos em Portugal (Projecto da FCT) e, desde 1995, ao projecto de investigação sobre capitéis romanos em território nacional, área de especialização.

Participou em diversas reuniões científicas, tendo publicado inúmeros artigos sobre temas de arquitectura e decoração arquitectónica de época romana, jogos de tabuleiro, arqueologia urbana e sobre várias estações arqueológicas.

É arqueóloga dos Museus Municipais (C.M.L) e coordenadora do Museu do Teatro Romano