O Professor José Fragata fez a sua educação médica em Portugal e no Reino Unido. Doutorou-se em Medicina em 1991 e agregou-se em cirurgia em 1993 pela Universidade Nova de Lisboa. É professor catedrático e professor decano da Nova Medical School, tendo pertencido ao Conselho Geral e presidido ao Conselho de Ética da Universidade NOVA onde é presentemente Vice-Reitor com o pelouro da Saúde. Coordena o programa de pós-graduação em Gestão da Saúde no INDEG-ISCTE do IUL e é presidente do Conselho Académico da AHED (escola de Pós-Graduação na Saúde da Universidade NOVA). É cirurgião cardiotorácico com uma vasta casuística em cirurgia cardíaca, para adultos e crianças e na transplantação torácica, e percorreu uma longa carreira nacional e internacional nessa especialidade, cumulativamente com uma diversificada carreira académica.