A produção literária de José da Felicidade Alves é ampla e variada. De entre as publicações de natureza teológica e pastoral avultam: Católicos e Política (1969), Pessoas Livres (1970), É Preciso Nascer de Novo (1970) e, sobretudo, Jesus de Nazaré (Livros Horizonte, 1994). Foi também em Livros Horizonte que publicou a extensa bibliografia premiada pela Academia Nacional de Belas Artes, que o fez académico em 1994. Redigiu uma série de estudos originais sobre o Mosteiro dos Jerónimos (três volumes publicados entre 1989 e 1994); coordenou e anotou a colecção «Francisco de Holanda» (seis obras entre 1984 e 1989) e a colecção «Cidade de Lisboa» (cinco obras, entre 1987 e 1990). O Mosteiro de São Vicente de Fora figura na lista dos trabalhos que José da Felicidade Alves deixou concluídos e que agora se publica.