José Afonso Baptista foi metodólogo, consultor da UNICEF para a Educação e director regional de educação do Centro. É professor da Universidade Católica desde 1999, onde se doutorou em Ciências da Educação. É coordenador dos cursos de mestrado em Adminsitração e Organização Escolar e de doutoramento em Ciências da Educação.
Os interesses científicos dominantes situam-se na intersecção das Ciências da Linguagem com as Ciências da Educação. Depois de alguns estudos na área da linguística aplicada, o domínio de investigação actual situa-se no âmbito da organização escolar e da educação de crianças e jovens surdos, na sua língua e na sua cultura.