Helena Fonseca é licenciada em Medicina pela Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Nova de Lisboa. Tem o grau de Consultora de Pediatria, sendo desde 1996 coordenadora da consulta de adolescentes do serviço de Pediatria do Hospital de Santa Maria. É, além disso, Presidente da Secção de Medicina do Adolescente da Sociedade Portuguesa de Pediatria. Tem inúmeros trabalhos publicados em revistas científicas nacionais e internacionais.