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Nasceu na Beira, Moçambique, em 1955.
Foi jornalista e professor, e é, atualmente, biólogo e escritor. Está traduzido em diversas línguas.
Entre outros prémios e distinções (de que se destaca a nomeação, por um júri criado para o efeito pela Feira Internacional do Livro do Zimbabwe, de Terra Sonâmbula como um dos doze melhores livros africanos do século XX), foi galardoado, pelo conjunto da sua já vasta obra, com o Prémio Vergílio Ferreira 1999 e com o Prémio União Latina de Literaturas Românicas 2007. Ainda em 2007 Mia foi distinguido com o Prémio Passo Fundo Zaffari & Bourbon de Literatura pelo seu romance O Outro Pé da Sereia.
Jesusalém foi considerado um dos 20 livros de ficção mais importantes da «rentrée» literária francesa por um júri da estação radiofónica France Culture e da revista Télérama.
Em 2011 venceu o Prémio Eduardo Lourenço, que se destina a premiar o forte contributo de Mia Couto para o desenvolvimento da língua portuguesa.
Em 2013 foi galardoado com o Prémio Camões e com o prémio norte-americano Neustadt.
Em 2020 foi galardoado com o Prémio Jan Michalski de Literatura, atribuído anualmente pela Fundação suíça Jan Michalski, tem o valor monetário de 50.000 francos suíços e inclui também uma escultura em madeira do artista nigeriano Alimi Adewale, e distingue a trilogia As Areias do Imperador, publicada em Portugal pela Editorial Caminho em 2015-2018.