Rui Marques nasceu em Lisboa. Com as suas raízes familiares em terras de mar, divididas entre Ericeira e Sesimbra, foi crescendo entre sonhos de um mundo melhor e um permanente apelo para uma ação consequente.
Escolheu Medicina como formação mas, já depois do curso concluído, acabou por fazer um desvio para o mundo da comunicação social, área onde trabalhou uma década.
Cruzou-se com a causa da autodeterminação de Timor-Leste, tendo ajudado a organizar, em 1992, a Missão Paz em Timor, com o navio Lusitânia Expresso. Já em 2001, com Timor livre, viveu a experiência da construção de um Centro Juvenil em Dili (CJPAV).
Participou na fundação da revista Fórum Estudante e do projeto CAIS (Circulo de Apoio à Integração dos Sem-Abrigo).
Em 1994, esteve envolvido no acolhimento de mães e crianças bósnias, refugiadas de guerra e, entre 2002 e 2008, foi um dos responsáveis pela política de acolhimento e integração de imigrantes em Portugal, no Alto Comissariado para a Imigração e Minorias Étnicas (ACIME).
Trabalhou pela inclusão social de crianças e jovens provenientes de contextos sócio-económicos mais desfavorecidos, através do Programa Escolhas.
Atualmente desenvolve a sua atividade no mais recente partido político português, o Movimento Esperança Portugal (MEP), procurando ajudar a construir uma alternativa de esperança para o nosso País.