Arnaldo Gonçalves nasceu em Lisboa (Campo Grande) em 27 de Novembro de 1953. Participou desde novo na luta política da esquerda estudantil contra a ditadura. Licenciou-se em direito na Universidade Clássica de Lisboa, em 1976.
Em 1999, apoiou Durão Barroso na sua candidatura à presidência do Partido Social-Democrata (PSD), aderindo ao partido na Convenção do Coliseu dos Recreios. Posiciona-se, desde então, na ala liberal do PSD.
Monitor na Faculdade de Direito de Lisboa (1974-5), foi assistente do Prof. Adriano Moreira na Universidade Internacional (1997-2000). Foi, entre 1990 e 1997, assessor de gabinete do Governo português de Macau, na área económica, e perito do Grupo de Ligação Conjunto Luso-Chinês.
Presentemente, depois de regressar a Macau em 2003, exerce cumulativamente funções de assessor jurídico num instituto público da Região Administrativa Especial de Macau e de professor de Direito e Relações Internacionais na Escola Superior de Administração Pública (IPM). É mestre em Ciência Política e Relações Internacionais pela mesma universidade, tendo como tese de doutoramento as relações União Europeia-China.
Arnaldo Gonçalves tem, na qualidade de investigador, nos domínios do direito constitucional e internacional, dos estudos asiáticos e das relações internacionais publicado inúmeros artigos em revistas da especialidade em França, Macau, Portugal, Inglaterra, Singapura, Argentina e México e é autor de vários livros de direito, na área do direito público, e de relações internacionais.
É membro da Associação Portuguesa de Ciência Política (APCP), International Political Science Association (IPSA-AISP) e da European China Law Association (ECLS).
É Presidente do Fórum Luso-Asiático (FLA), ONG para a cooperação com a Ásia desde a sua fundação em 1997 (Lisboa).
É casado com Rita Gonçalves, juristas, e tem dois filhos (João Arnaldo e Ana Rita).
Vive em Macau (China).