Nasceu a 15 de Agosto de 1948 na cidade do Funchal (Ilha da Madeira). Colaborou na imprensa, nomeadamente no Comércio do Funchal e mais tarde no República e no Diário de Lisboa, cujo suplemento "O Juvenil" o tornou conhecido como poeta. Desde então e ao longo dos dez livros já publicados, a sua poesia vem sendo reconhecida como uma dos mais originais e importantes na actualidade, como bem assinalaram, entre outros, António Ramos Rosa, Fernando Pinto do Amaral ou Joaquim Manuel Magalhães nos ensaios que lhe dedicaram. Simultaneamente, José Agostinho Baptista tem vindo a assinar diversas traduções de autores como Walt Whitman, W.B. Yeats, Tennessee Williams, Paul Bowles, Enrique Vila-Matas.