Maria de Fátima Bonifácio nasceu em Lisboa, em 1948. Estudou no Colégio Alemão de Lisboa e Porto. Durante três anos frequentou a Universidade de Genebra. Em 1978 licenciou-se em História na Faculdade de Letras de Lisboa e em 1990 doutorou-se na Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, onde também fez a agregação em 1998 e onde leccionou no Departamento de História de 1980 a 2006. Em simultâneo com a carreira docente, fez a carreira de investigação no Instituto de Ciências Sociais da Universidade de Lisboa, onde é actualmente investigadora-coordenadora.
Da sua obra académica constam dezenas de artigos publicados em revistas científicas e os seguintes livros: Seis Estudos sobre o liberalismo português, Lisboa, 1991 (2ª. ed.: 1996); História da guerra civil da Patuleia, 1846-47, Lisboa, 1993; Apologia d história política, Lisboa, 1999; A Segunda ascensão e queda de Costa Cabral, 1847-51, Lisboa, 2002; O Século XIX português, Lisboa, 2002 (2ª. ed.: 2005; 3ª. ed.: 2007); Estudos de história contemporânea de Portugal, Lisboa, 2007.